Fontfroide n'est pas une fondation cistercienne, mais le site choisi par les premiers moines bénédictins correspond aux exigences de la Règle.
L'isolement que les moines trouvent dans le massif, à l'époque encore boisé, satisfait leur quête de « vastes solitudes » si chères aux contemplatifs. Ils trouvent aussi dans le massif le bois, matériau de base des différents métiers et indispensable pour la construction. Le site se trouve aussi à la confluence de deux ruisseaux qui approvisionnent l'abbaye en eau. Cette eau est indispensable à toute vie communautaire : elle actionne les meules et les moulins, elle jaillit dans le lavabo du cloître et permet les ablutions, elle alimente enfin les viviers.
Canalisation passant sous le dortoir des convers
Ancien moulin alimenté par la rivière
L'abbaye, enfin, volontairement coupée du monde en s'enfonçant de quelques centaines de mètres à l'intérieur du massif s'est cependant implantée à proximité du réseau routier de l'époque. La voie domitienne passe au pied du massif et le nom même de Saint-Julien de Septime rappelle que cette grange se trouvait à l'emplacement du septième miliaire depuis Narbonne. Une voie des marchands traversait le massif en évitant la zone marécageuse des étangs et franchissait à gué les ruisseaux à Fontfroide.