Pendant trois siècles, trois familles accaparent le titre abbatial :
- les Narbonne -Talairan de 1476 à 1519 ; - puis les Frégose, originaires de Gènes, de 1579 à 1646 ; - enfin les La Rochefoucauld de 1667 à 1717.
Les abbés commendataires tirent le bénéfice d'une partie des revenus de l'abbaye mais sans y séjourner, la communauté est dirigée par un prieur conventuel nommé par le père immédiat de Clairvaux. En 1594 le chapitre général de Citeaux ordonne la division des biens de Fontfroide entre une mense abbatiale dont les revenus vont aux abbés commendataires et une mense conventuelle permettant la subsistance de seize moines.
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