Le 14 février 1791, le dernier moine quitte l'abbaye de Fontfroide. Celle-ci est incluse dans la vente des biens nationaux, mais le prix d'acquisition s'avérant trop inférieur aux estimations, la vente est cassée, les biens sont réunis au domaine de l'Etat et les revenus affectés aux hospices de Narbonne. Cela permet à Fontfroide de traverser cette période sans que les bâtiments souffrent des destructions ou démolitions même si nombre d'éléments décoratifs sont enlevés du monastère. Finalement les hospices vendent l'ensemble de la propriété en 1833 à Monsieur de Saint-Aubin qui entreprend la restauration de l'abbaye alors dans un triste état faute d'entretien. Après la visite de Viollet-le-Duc en 1843, l'église, le cloître et la salle capitulaire sont inscrit dans la première liste inventaire et les premiers travaux de restauration contrôlés sont lancés.

De 1858 à 1901, Fontfroide connaît un renouveau de vie monastique avec l'installation d'une communauté de cisterciens de l'Immaculée conception venant de Sénanque, conduite par le Père Jean-Marie Léonard. Vivant dans l'inconfort et l'austérité, ils obtiennent vite un exceptionnel rayonnement spirituel. A la mort de Dom Marie-Bernard Barnouin en 1887, le Père Jean est élu vicaire général des Cisterciens de l'Immaculée Conception mais conserve sa résidence à Fontfroide où il meurt le 12 novembre 1895 en odeur de sainteté. Aujourd'hui encore le souvenir du Père Jean demeure et son procès de béatification est en excellente voie à Rome à la Congrégation pour la cause des Saints. Les moines de Fontfroide, plutôt que de solliciter une autorisation, préfèrent s'exiler en Espagne dès le 1er octobre 1901, laissant Fontfroide une nouvelle fois à l'abandon.