Le 14 février 1791, le dernier moine quitte l'abbaye de Fontfroide. Celle-ci est incluse dans la vente des biens nationaux, mais le prix d'acquisition s'avérant trop inférieur aux estimations, la vente est cassée, les biens sont réunis au domaine de l'Etat et les revenus affectés aux hospices de Narbonne. Cela permet à Fontfroide de traverser cette période sans que les bâtiments souffrent des destructions ou démolitions même si nombre d'éléments décoratifs sont enlevés du monastère. Finalement les hospices vendent l'ensemble de la propriété en 1833 à Monsieur de Saint-Aubin qui entreprend la restauration de l'abbaye alors dans un triste état faute d'entretien. Après la visite de Viollet-le-Duc en 1843, l'église, le cloître et la salle capitulaire sont inscrit dans la première liste inventaire et les premiers travaux de restauration contrôlés sont lancés.